南京大学历史学院前身溯源于1902年建立的三江师范学堂国史科。1952年院系调整时，由原中央大学历史学院、边疆政治系和金陵大学历史学院合并而成的南京大学历史学系。2014年12月撤销历史学系建制，成立南京大学历史学院，下设中国历史系、世界历史系、考古文物系、国际关系研究院、中国边政研究所。
百余年来，经过几代学者的辛勤努力，本院已形成较为完备的教学体系。全院设有历史学、考古学、考古学（文物鉴定）三本科生专业方向；设有中国史、世界史、考古学、国际关系4个博士点；考古学、中国史、世界史、国际关系、民族学、外交学等6个学术硕士点，文物与博物馆学1个专业硕士点。
1995年，本院被确定为国家教育部直属的文科人才培养和科学研究基地。1996年，经国家人事部评审建立博士后流动站；并成为首批进入国家工程的单位。1998年，本院经国务院学位办评审，获准按历史学一级学科招收博士生。
本院中国史学科和世界史学科入选教育部“强基计划”和“双万计划”，系国家基础学科人才培养基地。世界史为国家重点学科和江苏省优势学科，也是首批“2011 计划”中国南海研究协同创新中心主要参与单位。 中国近现代史为江苏省重点学科，该专业科研教学团队被评为江苏省学科优秀梯队。南京大学中华民国史研究中心为教育部人文社会科学重点研究基地。考古专业为江苏优势学科，品牌和特色专业建设单位。新近成立的国际关系研究院，也已开始招收研究生。
本院师资力量雄厚，现有教职工99人，专职教师82人，行政管理人员17人，其中教授35人（博士生导师33人），副教授25人，讲师1人，专职科研19人，毓秀博士后2人。教师中1人为美国杜克大学博士、1人为美国宾夕法尼亚大学博士、1人为日本京都大学博士、1人为日本东京大学博士、2人为日本九州大学博士、1人为韩国延世大学博士、1人为美国密歇根大学中国研究中心博士后、。全系中青年教师有90％以上曾到美国、英国、德国、加拿大、澳大利亚、韩国、奥地利、意大利进行长期或短期访问。
此外，本院有教育部长江学者特聘教授3人、青年长江学者1人、青年拔尖人才2人、南大荣誉资深教授3人、南大特聘教授3人、享受国务院政府津贴者18人、教育部新世纪人才7人、江苏省“333”工程7人、江苏省“青蓝工程”8人。
近几年来，本院教师在诸多研究领域取得突出成就：张宪文主编的“南京大屠杀史料集”获教育部第五届高校人文社会科学优秀成果一等奖；钱乘旦教授、陈晓律教授的《在传统与变革之间—英国文化模式溯源》获教育部首届高校人文社会科学研究成果一等奖；张竹明教授的《古希腊悲剧喜剧全集（1—8）》获第二届中国出版政府奖等重大奖项；刘迎胜教授的“《元史》会注考证”和范金民教授的“江南地域文化的历史演进”等分别获得国家社科重大研究项目。
全系共有历史学、考古学和文物鉴定专业方向学生724人，其中博士生162人，硕士生305人，本科生257人；其中，文物鉴定方向将于2012年毕业第一届本科生。
历史学院具有很好的发展前景：历史学院现有的中国历史、世界历史和考古学三个一级学科。
历史学院向来注重培养素质高、适应面广的复合型人才。本科生除学习中国通史、世界通史外，还选修了大量的文化素质课及应用型课程，西方文明史、中国文化史、港澳台问题研究、中国经济史、公文写作等课程深受学生欢迎。考古专业的师生长期参与田野考察和文物发掘与整理工作；在研究生培养方面，历史学院致力于加强与海内外的学术交流和合作，与欧美10多个国家和地区的牛津大学、剑桥大学、伦敦大学、爱丁堡大学、巴黎大学、哈弗大学、斯坦福大学、普林斯顿大学等世界著名高校及研究机构建立了稳定的交流与合作关系；有数百位多名海外著名教授以及访问学者先后在此讲学交流、攻读博士、硕士学位，或从事博士后阶段的研究工作；多次举办了中华民国史、英国史、中国社会史、当代台湾研究、欧洲问题研究等大型国际学术讨论会。
历史学院毕业生就业面较宽，在国家外交部、安全部、新闻机构、高校研究所、部队等单位，都可看到历史学院学生的身影，他们工作勤恳、认真踏实，深受用人单位的好评，出现许多优秀人才和杰出校友。
南京大学历史学院竭诚欢迎海内外著名高校、研究机构和有识之士来南京大学访问、交流与合作